崇祯四十年至四十五年（康熙十一年至十六年），台湾进入了深刻转型的六年。
　　郑经从大陆撤回后，沉痛反思。他在承天府召集群臣，作了一番推心置腹的讲话：
　　“去年北伐，功败垂成。非将士不用命，非谋划不周详，实乃实力悬殊。清廷坐拥万里江山，亿万生民，可败十次、百次。台湾一岛之地，百万之众，败一次就伤筋动骨。”
　　他走到海图前，手指划过浩瀚的太平洋：“既如此，我们何必要困守这东海一隅？世界大得很。”
　　林默心中一动——这正是他想引导的方向。六年来，他通过格致院、讲武堂，不断向台湾精英灌输海洋意识、世界观念，如今终于在最高层开花结果。
　　“王爷的意思是？”陈永华问。
　　“开拓南洋。”郑经手指重重落在吕宋、爪哇、婆罗洲的位置，“红毛番（西班牙、荷兰）能在万里之外建立殖民地，我们炎黄子孙，为何不能？台湾往南，岛屿星罗棋布，土地肥沃，土著愚昧。若取之，可立国，可殖民，可通商。”
　　这个想法太大胆，满朝哗然。老臣郑泰颤巍巍起身：“王爷，这……这不是弃祖宗基业吗？开台二十年，多少将士血洒此地，如今要弃之而去？”
　　“不是弃，是拓。”郑经解释，“台湾仍是根本，但要向外伸展。好比一棵大树，根扎在台湾，枝叶伸向四方。如此，清军即便攻台，我们也有退路；即便困守，也有外援。”
　　林默适时补充：“诸位可知道，红毛番从南洋运回多少财富？荷兰东印度公司，每年从香料贸易获利百万两白银；西班牙人从美洲运银，以吕宋为中转，买走我中国丝绸、瓷器，一转手就是十倍之利。这笔财富，为何要让夷人独占？”
　　财富动人心。武将们眼睛亮了，文官们也开始盘算。
　　经过半月朝议，台湾定下新国策：“固本培元，拓海殖商。”具体分三步：
　　第一步，建立“东洋公司”。仿荷兰东印度公司体制，官督商办，募集股本一百万两，郑氏王室占四成，文武官员、士绅商贾认股六成。公司有特许状：垄断台湾以南贸易、殖民、开矿之权五十年。
　　第二步，组建“南洋舰队”。抽调水师精锐百艘，配最新式火炮，载陆战兵一万，农工匠人五千。舰队司令由刘国轩担任，他熟悉海况，又有袭扰福建的实战经验。
　　第三步，制定《殖民条规》。明确规定：新拓土地归东洋公司所有，殖民者授田免税三年；善待土著，可通婚、可教化，但反抗者严惩；建立商站、堡垒，步步为营。
　　崇祯四十一年（康熙十二年）三月，南洋舰队誓师出发。郑经亲至安平港送行，授刘国轩“抚夷大将军”印，赐尚方剑。
　　“刘将军，此去万里，凶险莫测。但功成之日，封侯拜相，青史留名！”
　　刘国轩跪受印剑：“臣必不负王爷所托！”
　　舰队南下，首站吕宋。此时吕宋为西班牙控制，马尼拉有华人两万，备受欺压。刘国轩按林默所授，先派小船联络华人甲必丹，约定里应外合。
　　四月十五夜，南洋舰队突袭马尼拉湾。岸上华人同时起事，打开城门。西班牙守军不过三千，猝不及防，总督仓皇逃往城堡。经三日激战，城堡投降。西班牙在吕宋百年统治，一朝瓦解。
　　刘国轩入城，立即发布《安民告示》：保护所有居民生命财产，西班牙人愿留者同等对待，华人恢复一切权利。同时将缴获的西班牙银船五十万两白银，一半运回台湾，一半用作开发资金。
　　消息传回，台湾沸腾。这是中国历史上第一次成功的海外殖民，意义非凡。郑经大赏有功人员，更坚定了向南发展的决心。
　　吕宋只是开始。崇祯四十二年，南洋舰队继续南下，占领婆罗洲（今加里曼丹）的金山（今坤甸）——那里有亚洲最大的金矿。崇祯四十三年，控制苏门答腊的旧港（明初郑和曾在此设立官厂）。崇祯四十四年，与爪哇的荷兰东印度公司达成协议，共享爪哇海贸易权。
　　至崇祯四十五年，台湾的海外帝国初具规模：以台湾为中枢，北连日本、朝鲜，西通福建、广东（秘密贸易），南控吕宋、婆罗洲、苏门答腊，东望太平洋。年贸易额达五百万两白银，海军舰船千艘，陆战兵二十万（含殖民地驻军），成为西太平洋最强大的海上力量。
　　财富滚滚而来，台湾面貌焕然一新。安平镇扩建为五重城，宫殿巍峨，市井繁华，夜不闭市。讲武堂、格致院规模再扩，前者年招生五百，后者研制出燧发枪量产技术、开花弹（榴霰弹）等新式武器。更可贵的是，大量西方知识通过贸易传入：哥白尼日心说、牛顿力学、欧洲航海图、拉丁字母……林默主持翻译《泰西格致全书》，开启了中国第一次西学东渐高潮。
　　然而盛世之下，隐患暗藏。
　　首先是内部。郑经原配唐氏早逝，续娶的冯氏生性嫉妒，与郑经长子郑克臧（庶出）不睦。而郑克臧聪慧仁厚，深得林默、陈永华等老臣喜爱，冯氏恐其夺嫡，屡进谗言。
　　其次是清廷。康熙皇帝平定三藩后，国力日盛，对台湾的威胁越来越大。虽暂无力跨海征讨，但封锁日益严密：严禁片板下海，违者处斩；迁界令重新实施，沿海三十里成无人区。台湾与大陆的走私贸易锐减七成。
　　最致命的是，郑经的身体垮了。
　　崇祯四十五年秋，郑经在巡视吕宋归途中染上热病（疟疾），回台后一病不起。虽经陈一手全力救治保住性命，但落下病根，时常咯血，精力大不如前。
　　这日，林默入宫探病。郑经屏退左右，握着他的手说：“太师，我的时日……恐怕不多了。”
　　林默心酸：“王爷正当壮年，好生调养，必能康复。”
　　“自己的身子自己知道。”郑经苦笑，“今日请太师来，是要议立储之事。克臧、克塽（冯氏所生），该立谁？”
　　这是最敏感的问题。林默沉吟：“按祖制，当立嫡子克塽。但克臧年长，仁孝聪慧，在军中有威望……”
　　“我知道。”郑经叹气，“冯氏狭隘，克塽年幼，若立之，恐成女主干政。克臧虽好，但毕竟是庶出，恐难以服众。太师，我真难啊。”
　　林默心中已有人选，但不能直说，只道：“此事关系国本，宜召群臣共议。”
　　三日后，郑经强撑病体召开朝会。文武百官到齐，气氛凝重。
　　郑经开门见山：“寡人病重，宜早定储君。诸卿有何高见？”
　　冯氏之父冯锡范率先出列：“自古立嫡立长，世子克塽乃王妃嫡出，聪颖好学，当立。”
　　陈永华反驳：“国赖长君。克臧公子年长十五岁，随王爷历练多年，熟知军政，仁德爱民，更宜承继大统。”
　　双方争执不下。郑经看向林默：“太师之意？”
　　林默缓缓道：“老臣以为，当立贤。请王爷出题，命两位公子各作策论一篇，论‘台湾未来十年之策’。再请百官评议，优胜者立之。”
　　这是最公平的办法。郑经同意。
　　十日后，策论完成。郑克臧的答卷以“固本拓海，联天下华人为一体”为核心，提出完善殖民地治理、建立南洋华人联盟、发展远洋贸易等具体方略。郑克塽的答卷则多引经据典，空谈仁政德治，少有务实之策。
　　百官评议，七成支持克臧。郑经心中已定，传旨：立郑克臧为世子。
　　冯氏得知，大闹宫廷，被郑经禁足。冯锡范等外戚党羽心怀不满，开始密谋。
　　这一切，林默看在眼里，忧在心中。他想起历史上郑经死后台湾内乱、终致败亡的悲剧，决意要阻止。
　　崇祯四十六年（康熙十七年）正月，郑经病情恶化。临终前，他召林默、陈永华、刘国轩三人托孤。
　　“三位……是父王留给我的，也是我要留给克臧的。”郑经气息微弱，“克臧继位后，朝中必有风波。冯氏、冯锡范……不会甘心。望三位……辅佐克臧，稳住大局。”
　　三人跪地：“臣等必竭尽全力！”
　　郑经又单独对林默说：“太师，还有一事……父王临终前告诉我，说他一直觉得，您……不是寻常人。您懂太多不该懂的东西，看事情总比别人远几十年。他说您可能是……天降奇人，来助我郑家的。”
　　林默心中一颤。
　　“所以，无论您是什么人，我都信您。”郑经流下泪来，“拜托您……保住郑家基业，保住……华夏这点星火。”
　　二月十八，郑经病逝，享年三十四岁。谥号“文王”，葬于郑成功墓侧。
　　郑克臧继位，改明年为“永历三十五年”（此时南明已亡二十年，但台湾仍用永历年号，以示正统）。尊林默为“尚父”，陈永华为“太师”，刘国轩为“太傅”。
　　新君即位，冯氏党羽果然发难。冯锡范勾结部分将领，欲发动政变，废克臧，立克塽。
　　但林默早有准备。陈永华的情报网早已监控冯党一举一动，刘国轩的南洋舰队及时回师。政变当日，冯锡范刚集结兵力，就被包围。一番激战，冯党溃败，冯锡范被擒。
　　郑克臧仁厚，不忍杀叔（冯锡范是郑经妻舅），只将其削职软禁。冯氏废为庶人，迁出宫廷。郑克塽年幼无辜，仍以公子礼待之。
　　一场内乱，消弭于无形。台湾政局，平稳过渡。
　　然而所有人都知道，最大的危机，不在内部，而在海峡对岸。
　　康熙皇帝，已经亲政了。