1909年9月4日，中国外务部尚书梁敦彦同日本公使伊集院彦吉签订了《图门江中韩界务条款》：
　　一、中日两国政府彼此申明图门江为中韩两国国界；
　　二、中国开放龙井村、局子街、头道沟为百草沟等四处为商埠，日本在各埠设立领事馆或领事分馆；
　　三、延吉地方朝鲜居民“服从中国法权，归中国地方管辖裁判”，日本领事官或由领事委派官吏，可到堂听审关系韩民的民事诉讼事件；
　　四、吉长铁路将来接至会宁地方；
　　五、日本统监府派出所及文武人员限两月内退清。
　　从这个条约来看，中国方面总算保住了图门江以北东西长七百六十里、南北宽三百五十里的中方领土。前后纠缠三年之久的所谓“间岛”问题，在这里得到了最后了结。
　　尽管这一胜利是在某些地方作出让步后，日本政府才字坚实雄厚的证据面前承认失败的。但对于几十年来一直在割地赔款，挨打受气的清廷而言，实在也是一次了不起的外交胜利了。
　　故有人称，这为鸦片战争以来，我国近代外交史所仅有之胜利。
　　宋教仁为了写《间岛问题》一书，花费了大量精力和时间，除去政治上的因素，就事论事，拿了稿费也是很正常的。日后应夔丞等人受人指使，把这件事胡说成是实行诈骗实在是危言耸听。
　　此后，日本政府对宋教仁大为不满，把他看作是清政府派来的密探，对他多方刁难，宋教仁并不在乎。黑龙会开始对他另眼相看，尽管还没有把他打入另类，但是再也回不到以前那样。而同盟会的“同志们”来指责他实施了一场未遂诈骗，这种攻击来自胡汉民、陈其美，这些人的这般不理解他，让他非常痛苦。
　　其实，胡汉民、陈其美、应夔丞等人并不知道，宋教仁原先还考虑去北京担任清廷的四品京官员。
　　按照惯例，宋教仁先是征求孙中山的意见，孙中山认为：可以！
　　宋教仁再去征求黄兴，黄兴以为宋教仁性格高洁，不一定适合官场。但究竟如何，让宋教仁自己拿主意。
　　宋教仁再去章太炎处征求意见，章太炎说：“遁初，别听孙文那一套。革命，革命，那么多起义都让他搞砸了，怎么到了袁世凯这奸贼身边反而革命能成功么？”
　　借机攻击了孙中山一番以后，章太炎这才认真为他分析：“袁世凯这次要你当官，是看中你的才华。清廷谈判需要你！但是，你在革命党中的地位，他们显然已经知道。这里就可能包藏祸心，明显是想分化瓦解革命力量。”
　　章太炎继续说：“如果这次谈判成功，可能还要给你加官晋级，进一步收买你。可是，无论你官做得再大，军权是不会给你的。你想和吴禄贞连手，想都不要想！你始终在他们严密监视下。”
　　章太炎还说：“你想过没有，胡汉民他们会怎么看你做官这件事。他们的嘴是最厉害的，到时候你是百口莫辩，怎么说也说不清楚！，算了罢，这件事到此为止。”
　　宋教仁说：“我光明磊落，再说我此事都是为了革命，孙先生，都同意我这样做!”
　　“你啊，真是个书呆子。到那时候，事情的发展变化就不是这么简单了。”章太炎叹了口气说，“害人之心不可有，防人之心不可无！孙文身边的人，都不是等闲视之辈，没有什么事他们干不出的！”
　　别说章太炎危言耸听，其实，没有过几天，东京的留日学生中间，对宋教仁的攻击、诋毁、污蔑、谩骂、讥讽等等就铺天盖地而来。
　　“宋京堂”、“宋公卿”、“宋汉奸”等几乎代替了宋教仁，目的就是要让宋教仁身败名裂。
　　一封特地从上海寄来的信还这么说：京堂大人，你回国做官，请讲点情面。将来我等回国做革命工作，如被你拿获，请勿用刑讯……等等。
　　如此刁钻、刻薄。
　　而这些人，大都是有人提供经费，平日间狎妓贪酒，自命风流又革命。
　　一场政治风暴让宋教仁始料未及。
　　他为了祖国的土地而奋斗，居然让这些“革命党人”如丧考妣，不知道是他们觉悟低，还是另有图谋，也许背后的还有更为险恶的用心。
　　想起了当初陈天华的死也和这批人有关，宋教仁心如刀绞。
　　陈天华只不过不想把“宪政派”看成红眉毛、绿胡子的魔鬼，就遭到这批人的打击。最后，只能走向大海。
　　这一切，让宋教仁这个还是二十几岁的青年小伙子，开始借酒浇愁了。多少次，他酩酊大醉，神智不清；多少次，他暗自流泪，痛不欲生。
　　陈其美藏头不露尾，他比赤膊上阵的胡汉民更利害。他投机革命时间晚，年龄大。可是，他比别人更懂得使用手段。
　　他是那种只做不说的干将，在日本，这种性格很吃香，尤其是黑龙会非常欣赏他。
　　所以，对宋教仁的劈头盖脸的风波被煽动起来，陈其美其实是暗中使劲的，似乎要把这个为中国争取一块领土的革命者彻底从地球上消灭掉。只不过，陈其美是茅坑中拉屎，只有他自己知道。
　　但是，宋教仁不是陈天华。他看到了陈天华的死，并没有达到让那些人收敛一些。他们还是那么歹毒，还是把不同于自己政见的人彻底从地球上消灭掉。
　　不能让这些人得逞！
　　中国革命的大旗，还得华兴会来抗！
　　宋教仁最终还是从这中阴影中走了出来。
　　宋教仁为了证明自己坚定不移的革命立场，不惜把自己置于生存绝境，自请革去留学生之名，以示与清廷断绝关系。这和那些拿着日本人的钱，特别是拿着黑龙会的钱，在花天酒地享受，狎妓风流快活的“革命造反不爱国”们成明显对照。
　　在这段艰难的时间里，宋教仁一边学习，一边革命，知识突飞猛进，思想更加活跃，认识更加全面。他一步一步从反满的狭小樊篱中解脱出来，兼顾革命热情和维护民族感情，向着民主的思想靠拢，成长为一个更加成熟的、爱国的革命家。
　　间岛问题后，尤其是这场风波后，日本黑龙会开始对宋教仁的态度从大力挺举，格外器重转为小心谨慎却又喜又怕的矛盾心态。
　　对于孙文在广东沿海一带举行起事，宋教仁认为是错误的。
　　1910年秋天，28岁的宋教仁召集日本的同盟会骨干在寓所寒香园开会，提出了著名的“革命三策”——
　　上策为中央革命，以东三省为后援，攻占北京，号令全国。
　　中策是在长江流域起义，湖北武汉最佳，先成立政府，然后北伐。
　　下策是在云南、广西等边远省份起事，再向内地进取。
　　宋教仁分析后认为：上策和下策都很难成功，中策比较合适。他决定回国，组建中部同盟会，领导长江流域的起义。
　　1910年底，内田良平,北一辉，清藤幸等日本“黑龙会”成员为宋教仁举行了盛大送别会。宋教仁抱着在大江南北开展革命运动的决心，离开日本归国。
　　内田良平亲自到码头上送行，这是黑龙会中极高的礼数。
　　孙中山、黄兴等人也未享有过这般“殊荣”。
　　内田良平望着远去的海船，感叹地说：“我不知道这样做对不对，也许我们是在‘放虎归山’啊。”
　　“主公，宋这个人你对他再好也没用，他始终是颗支那心。”
　　内田良平最崇拜的中国人就是曹操，所以随从们这样称呼他们的“龙头大爷”为“主公”。
　　“可是，宋桑是我见过的最优秀的中国人。宫崎君拿了我们这么多钱，推荐的中国人也不少了，只有宋桑是最出类拔萃的。他是个领袖人物，他要是真的成功了，我们就多了一个可怕的对手啊！”