１８６５年４月１４日晚，林肯偕同夫人亚伯拉罕-玛丽前往罗德岛大街福特剧院看戏，随同的是志愿兵少校亨利-里德-拉恩伯恩和他的未婚妻丽娜-吉米卡特，负责总统林肯警卫的是约翰-帕克，他的任务很清楚：守着总统寸步不离，严密监视可能暗杀林肯的任何人。晚上９时１０分，总统一行人进入剧院，由引座员莉丽莎-加里福斯带着进了包厢房。在场２５００名观众听说总统林肯到来，便一起鼓掌欢迎，许多人都站了起来，有的还欢呼“总统林肯先生您好”。林肯走出包厢向欢迎他的观众挥手致意。舞台演出的是英国戏剧作家托姆-泰勒１４年前创的作品《我们美国的表兄弟》，林肯在包厢内坐在扶手摇椅上，他只能看到包厢里同他坐在一起的几个人，以及舞台的演员演出。包厢内有两道门，前门是开着的，便于看戏，后门是锁着的，有利于保卫工作，然而，这个包厢并不像想象的那么保险。在林肯侧面的后门上有个１０公分的小洞，是刺客前一天晚上才凿穿的，其目的是在包厢外面往里看能窥到林肯所坐的位置，然后选择时机溜进包厢进行暗杀。
　　在演出换幕的间歇，警卫帕克离开了包厢的岗位，到大厅里喝咖啡去了。这种失误给暗杀林肯的刺客提供了大好机会。戏还在继续演，下一幕正进入高潮。９时４５分，刺客通过包厢外的小洞看到林肯坐在包厢内的位置，然后蹑手蹑脚地伏在包厢外面。刺客从腰间拔出一支铜制单发左轮小手枪，不慌不忙地从小洞里，准确无误地对着林肯开了一枪。“砰“的一声枪响，一颗子弹射中了林肯的头部左侧，从他的左脑门处进入了右脑。林肯立即倒在夫人玛丽的身边，鲜血从左侧脸上往下流。少校亨利听到枪声，立即反应过来，他迅速冲出包厢，向响枪的地方追去。他看到一个高大的男人从舞台的左侧通道上逃跑，他在后面边追边喊：“抓住前面那个男人，他要暗杀林肯总统。”刺客逃到戏院大门口，看到一匹棕色的骏马，他一下子推开牵马的仆童，翻身上马，一会儿消失在夜幕之中。从刺客向林肯开枪到刺客逃出戏院前后只有一分钟。
　　林肯被行刺后，总统夫人玛丽大声叫道：“天哪！刺客把总统打伤了，大家快来抢救啊！”一会儿，包厢外面挤满了里三层外三层的观众，演出也停止了。少校亨利抓不到刺客，立即跑回包厢里，看见林肯把头枕在夫人玛丽的膝盖上，闭着眼睛，脸色苍白，一动不动。引座员莉丽沙带着一个留着络腮胡子、样子约２５岁的年轻人走进包厢，他就是合众国志愿兵外科医生查尔斯-利拉尔。利拉尔医生在少校亨利和总统夫人玛丽的帮助下，把林肯平放在包厢的地板上。利拉尔医生抬起林肯的头部，在头发中仔细地摸着，发现林肯有脑损伤的迹象。利拉尔医生弯下身来，把两个指头伸进林肯的喉咙，压迫舌根部，并用手指清除喉咙部位积存的血迹和分泌物，设法启动林肯的呼吸器官，以刺激呼吸系统。一会儿，医生查尔斯-萨宾-塔特夫从戏院的另一侧跑过来，利拉尔医生请塔特夫医生摇动林肯的两只手臂，自己则按压住林肯的胸部隔膜，以促进他的心脏跳动。经过一番抢救之后，林肯的脉搏由原来的不规律逐渐转为正常。
　　利拉尔医生认为，林肯的伤势很重，而且是致命伤，要立即送往医院抢救，于是少校亨利迅速找来一驾马车和利拉尔医生、塔特夫医生以及总统夫人玛丽一起将林肯送往附近的霍华得大学医院急诊部。医生们给林肯脱去衣服，从头到脚检查了一遍，只发现他头部的枪伤。林肯全身冰凉，双腿不停地抽搐着。主任医生韦尔斯-乔治叫护理人员拿来热水和毛毯给林肯盖上，又要了一支芥末膏涂在林肯的太阳穴和整个身体上。林肯的呼吸渐渐困难，脉搏每分钟只跳动４０次，而且很微弱，左眼瞳孔收缩得非常厉害，右眼瞳孔扩大，生命危急。在医院的另一间房里，总统夫人玛丽由４个妇女陪着，玛丽３次被通知见林肯最后一面，其中第二次，玛丽哭着对林肯说：“您一定要活下去，您必须要活下去，您的心愿还没有完成啊！”１５日凌晨２时许，主任医生乔治试图找出那颗子弹。过了一个小时，医生们认为，即使找出这颗子弹，林肯也活不下去了。
　　凌晨５时，在总统林肯的病房里，曙光从窗外射了进来，灰白色的光线使病房里的煤气灯的黄色火焰显得黯然失色。林肯眼看就不行了。清晨６时，主任医生乔治从病房里走出来，只见病房外每隔３米就聚集着一堆人，其中一些市民已站在那里守候了整整一夜。市民们向乔治探询总统林肯的情况：还有希望吗？乔治回答说：“总统林肯很快就不行了。”市民们每一张脸上都露出了极大的悲哀，特别是那些黑人们，完全被悲痛所淹没了。他们痛哭，痛哭他们失去了解放的机会。７时许，主任医生乔治走进病房。总统林肯的体温在变凉，他的长子罗伯特-林肯抑制不住悲伤，转过头去倚在参议会议长萨姆纳-乔治的肩上，大声恸哭起来。死神终于毫不留情地带走了总统林肯。总统林肯的最后一次呼吸是在１８６５年４月１５日上午７时２１分５５秒，最后一次心脏跳动是在７时２２分１０秒，接着主任医生乔治宣布总统林肯死去。上午９时，总统林肯的遗体被运到国会大厦里停放，让公众瞻仰他的遗容。下午４时，灵柩被运上火车，从首都华盛顿运到１７００英里外的斯林菲德州安葬。沿途的铁路两旁各站站满了成千上万悲痛的人们，他们向总统林肯告别。
　　１８６５年４月１６日晚上１０时，副总统安德鲁-约翰逊在华盛顿国会山庄宣誓任美国第１７任总统。
　　宣誓就职后，总统约翰逊任命联邦大法官约翰-Ｃ-布雷肯里奇成立联邦调查委员会，侦查总统林肯被暗杀事件。布雷肯里奇大法官经过１０年的侦查、取证、核实，终于在１８７５年５月将暗杀总统林肯的凶手约翰-威尔克斯-布恩抓获归案。布恩暗杀总统林肯的动机是，阻止总统林肯解放奴隶。暗杀总统林肯的目的是使美国南北分管自治。
　　１８７６年１月２３日，约翰-威尔克斯-布恩被判处绞刑，总统林肯泉下有知，亦得到了安慰。