19世纪中叶，年轻的美国还远未有今天这样广袤的国土。北方诸州实行雇佣劳动制，工商业发展迅猛；南方诸州以种植园经济为主，大量驱使黑人奴隶，实行落后野蛮的奴隶制度。两种不同社会制度的并存与发展，引发北方工商业资产阶级和南部种植园奴隶主之间的尖锐矛盾：北部工商业经济的迅速发展，渴求大量的自由劳动力、充足的原料供应和广大的国内市场，因而要求废除黑奴制，这就对南方蓄奴州构成巨大的政治挑战；对于不断开发中的西部土地的建州问题，南方要求建成蓄奴州，北方则要成立自由州，为此，南北双方都力图控制联邦政府的统治大权；北方工商业主为了保护自身工商业的发展，防止欧洲产品竞争，反对自由贸易，主张关税保护；南部种植园奴隶主为了棉花、烟草等农产品能便利输往欧洲，并从欧洲输入廉价的工业产品，要求降低关税，主张自由贸易。南北经济政治矛盾的发展最终导致了南北战争的爆发。
　　1860年11月7日，在激烈的政治角逐中，林肯作为北方共和党推荐的总统候选人，以39.8%的选票，低票当选为美国第16任总统。林肯获胜的消息传来，实行奴隶制的南卡罗来纳州当日即升起表示脱离联邦、宣告独立的棕榈旗。12月20日，南卡罗来纳州举行特别代表大会，宣布独立。1861年1月9€?1日，密西西比、佛罗里达、亚拉巴马、田纳西等州分别以议会或公民投票方式，决定脱离联邦。此后，又有佐治亚、德克萨斯、路易斯安娜等州效仿，到6月共有11个蓄奴州宣告独立，脱离联邦。1861年3月4日是林肯总统宣誓就职日，可是，南方各州于2月4日召开了所谓“南部邦联同盟会议”，抢先宣布了他们“选举”的“总统--杰弗逊-戴维斯，并成立了南部国会，“首都”设在弗吉尼亚的里士满。至此，问题的性质发生了本质的变化，即由蓄奴问题实质上转变成了南方11州要脱离联邦宣布“独立”的问题。林肯政府面临维护国家统一的生死存亡的问题。年轻的美利坚合众国面临分裂。战争一触即发。
　　面对紧张的形势，林肯在就职前后一再发表讲话，劝说南方各州，在一个国家的范围内解决问题，把维护国家的统一置于首位，至于废除奴隶制问题可容后再议。美国国会1861年3月通过的法案，允许美国南部各州保持其奴隶制度，可不必马上改变，即承认美国目前“一国两制”的现实。在就职演说中，林肯表示：“任何一个州都不能单凭自己的动议合法地退出联邦，任何为此而通过的决议和法令在法律上都是无效的。”然而，南方州的领导人却凭借其地大兵强、早有预谋，以及寄希望于英法等大国的物质援助、武装干涉和承认其独立，悍然打响了第一枪。1861年4月12日，“南部邦联”军队（史称南军）炮轰并攻陷了设在查尔斯顿港的萨姆特联邦军队（史称北军）要塞。4月15日，林肯政府发布讨伐令，下令征召七万五千人为恢复联邦的统一而战。为防止联邦分裂，美国国会通过了《反脱离联邦法》（anti-secessionlaw），宣誓美国作为一个完整的国家，绝不容许分裂。美国的每个成员、每个公民与生俱来的天职与首要义务就是保卫美国的完整与统一。
　　1861年4月12日，南方联盟不宣而战，迅速攻占了联邦政府军驻守的萨姆特要塞。林肯不得不宣布对南方作战。林肯本人并不主张用过激的方式废除奴隶制，他认为可以用和平的方式，先限制奴隶制，然后逐步加以废除，而关键是维护联邦的统一。在这种思想的支配下，北方政府根本没有进行战争的准备，只是仓促应战，而南方则是蓄谋已久，有优良的装备和训练有素的军队，所以，尽管北方在多方面都占有优势，还是被南方打得节节败退，连首都华盛顿也险些被叛军攻破。
　　北方在战场上的失利引起了广大人民的强烈不满，许多城市爆发了示威游行，要求政府采取措施扭转战局。这时林肯才意识到，要想打赢这场战争，就必须调动农民的积极性，废除奴隶制、解放黑奴。
　　祸不单行，此时，远在欧洲的英帝国匆忙承认南部同盟为“交战团体”，处于“事实上的国家状态”，并充当南方的军火供应基地，随时准备承认南部同盟。法、西、荷也宣布中立。1861年底，英国以“特伦特号事件”为借口，阴谋承认南部同盟，向联邦政府宣战。法国还乘机出兵墨西哥，占领墨西哥城，从南部对美国构成威胁。在此情况下，共和党内部的激进派及社会上的废奴主义者提出解放奴隶和武装黑人的主张。因为只有黑人得到解放，他们才会把自己的命运和国家命运连在一起，为国家拼命死战。林肯也意识到了解放奴隶的必要性。1862年5月国会通过了《宅地法》，规定一切忠于联邦的成年人，只要交付10美元的登记费，就可以在西部领取160英亩土地，在土地上耕种5年后就可以成为这块土地的所有者。1862年7月17日，联邦政府颁布《没收法案》，宣布凡是参加叛乱的人为国事犯，要没收他们的财产，解放他们手中的奴隶。同一天国会通过《民兵法》，宣布凡是加入联邦军队的奴隶为自由人，其家人也为自由人。1862年9月22日，林肯以“战时措施”方式颁布解放宣言，规定自1863年1月1日起，所有叛乱各州的奴隶应当被视作自由人，允许参加联邦军队。消息传到南方后，成千上万的奴隶逃往北方。短短几个月里，就有18.5万名黑人参加了北军，他们作战非常勇敢，平均每三个黑人中就有一人为解放事业献出了生命。看得见的政治地位变化和可以立即得到的经济利益，使北军军威大振，人人勇于死战，战局为之大变。英国工人阶级也展开了支持北方的运动，迫使英国政府放弃了原来的干涉计划，所谓“承认”问题也不得不作罢。针对法国的所谓“调停”，1863年3月美国国会通过决议案，明确指出调停属“外国干涉”行为，而南部同盟纯属“内部叛乱”，“不属于国际问题”，“国会毫不犹豫地认为外国干预目前争端的任何建议，都是不合理的和不能容忍的”。法国的“调停”企图遂作罢。1863年提出“民有，民治，民享”的纲领性口号，从而使战争成为群众性的革命斗争。1863年7月1日到3日，双方在华盛顿以北的葛底斯堡展开了内战以来规模最大的一次战斗。双方激战了三天三夜，北军重创南军，使南军损失了3．6万人，从此北军开始进入反攻，而南军只有防守了。这次大捷使战争发生了根本转折，彻底粉碎了英法等外国势力干涉的可能。同年的7月4日，北军又在维克斯堡大获全胜。维克斯堡位于密西西比河上，是一个高出水面200英尺的悬崖，据守悬崖的叛军居高临下，可以用炮火直接威胁河上来往的船只。如果从下面攻打这个要塞非常困难。早在1862年末，格兰特就率军在海军的协助下几次攻打这个要塞，但都没成功。1863年4月，格兰特实行了新的进攻计划，先摧毁了要塞周围的各个据点，然后包围了维克斯堡。海军也来助战，从陆地和水上同时进攻，猛烈炮击要塞，震耳欲聋的炮声一直响了47天之久。7月4日，困守要塞的叛军弹尽粮绝，被迫投降，北军这一次俘虏叛军2.9万人。
　　紧接着，北方军队以秋风扫落叶之势，迅猛追击叛军，1863年4月3日攻占了叛军首都里士满。4月9日，叛军总司令罗伯特-李率残部2.8万人在阿波马托克斯小村向格兰特投降。历时四年的南北战争以北方的胜利而告终。
　　1864年9月，北军一举攻下亚特兰大，两个月后开始著名的“向海洋进军”，在进军中沉重地打击了敌人的经济力量，使南方经济陷于瘫痪。在东线，格兰特将军统率北军把敌军驱逼到叛乱“首都”里士满附近。在一片胜利的形势下，林肯于1864年11月再度当选总统。1865年初，奴隶纷纷逃亡，南方种植园经济濒于瓦解。同时，北方海军实行的海上封锁，几乎断绝了南方与欧洲的贸易。1865年4月3日联邦军队攻克里士满。4月9日，南军陷入北军的重围之中，南军总司令李将军向北军总司令格兰特将军投降。5月，被通缉的“南方邦联”“总统”杰弗逊-戴维斯被俘获。南北战争终告结束。原先脱离美国的各个州重新回到了联邦中，美利坚合众国恢复了统一。
　　南北战争被称为继独立战争之后的美国第二次资产阶级革命。林肯成为黑人解放的象征。但奴隶主却对他万分仇恨。1865年4月14日晚上，林肯在华盛顿的福特剧院(Ford'sTheatre)里看戏时，被南方奴隶主收买的一个暴徒刺杀。林肯的不幸逝世引起了国内外的巨大震动，美国人民深切哀悼他，有700多万人停立在道路两旁向出殡的行列致哀，有150万人瞻仰了林肯的遗容。林肯是一位杰出的政治家，为推动美国社会向前发展做出了巨大贡献，受到美国人民的崇敬，在美国人的心目中，他的威望甚至超过了华盛顿。